2. Dünya Savaşı devam etmektedir. 14 yaşındaki Seita ve 4 yaşındaki kız kardeşi Setsuko, babaları savaşa gittiği için anneleri ile birlikte yaşamaktadır. Ancak bir Amerikan hava saldırısı sonucu anneleri ölür ve teyzelerinin yanına yerleşmek zorunda kalırlar. Buraya uyum sağlayamayan ve teyzeleriyle tartışan iki kardeş, evden kaçıp yollara düşer. Bir yandan özgürlüğün tadına varan iki kardeş, diğer yandan da savaşın dayattığı zorluklara birlikte göğüs germek mecburiyetinde kalacaktır. Hayatta kalmak büyük bir mesele haline geldiğinde Seita, büyümenin ne demek olduğunu da anlayacaktır.

Savaşın insanlar, özellikle de cephede savaşmayan insanlar üzerindeki etkisini dokunaklı bir şekilde anlatan Hotaru No Haka (Grave of the Fireflies) - Ateş Böceklerinin Mezarı, 2. Dünya Savaşı'nın Japonya tarafına iki kardeşin gözünden bakıyor.